如果没有超出允许的宅基地范围，一般不会算作违建。农村宅基地的违建判断主要是两个方面，一个是建筑面积是否超标、一个是建设行为是否符合规范。农村宅基地房屋建设厕所属于住宅房屋的附属设施，只要有合法手续办理的建设许可，厕所自然也是属于住宅房屋的一部分，当然是可以建设的。但是厕所算作住宅的一部分，因此厕所的建设也必须同住宅房屋一起设计在合法的宅基地面积内，不能超出标准面积，否则也是可以算作违建的。
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